除菌過濾器采用定期滅菌的介質來阻隔空氣中所含有的微生物，以取得無菌空氣。由于微生物在富營養的發酵環境中有異常活躍的生命繁衍特征，因此，除菌過濾器在結構上有以下一些特點：

　　1、除菌過濾器的濾芯穿透率要非常小，根據對數穿透定律，穿透率是濾層厚度的函數，增加濾層厚度可使得穿透率下降，所以除菌過濾器的濾芯層厚度跟其他過濾器相比較厚，然而濾芯的厚度增加，必然會導致阻力上升，在發酵空氣壓力普遍低于一般氣動系統空氣壓力的背景下，阻力上升情況更為突出，為解決這個矛盾，除菌過濾器的設計濾速必須很低，一般都在0.1m/s以下。
　　2、如果是從過濾度來看，超細纖維濾紙就能達到過濾細菌的目的，但是一般超細纖維濾紙的抗濕性能較差，碰到水分很快就會潤濕，這不適合除菌過濾器使用，因為除菌濾芯必須要經過接近200℃高溫蒸汽的反復滅菌，這就要求除菌過濾器的濾材應該具有很高的抗濕強度和耐高溫性。
　　3、除菌過濾器對輔助材料也有要求，例如所采用密封材料，應該具備粘性強，不易老化脫落，密度高，耐水性好以及能夠經受反復熱沖擊的無膠質衛生材料。
　　4、除菌過濾器的濾殼內部必須杜絕一切容易導致細菌滋生而高溫蒸汽又不能達到的死角，實際上，現今使用的除菌過濾器濾殼都采用不銹鋼材質制作，圓滑的內表面不存在任何尖角毛刺與任何涂料。
　　5、由于進入除菌過濾器的空氣都已經過深度預處理，實際上已沒有水滴、油霧等氣溶膠粒子，因此凝聚式過濾器的某些特點對它來講已無實際意義，例如在氣流方向上，除菌過濾器都采用從外向內的流動特征，盡可能將菌體阻擋在濾芯外側更便于消毒滅菌。