除菌過濾器最重要的就是消毒了，高溫蒸汽消毒是給除菌過濾器進行消毒處理很有效的辦法了，使用飽和高溫蒸汽并保持一段時間可以殺死活動微生物。同其它消毒方法相比，高溫蒸汽消毒的優點在于可以同時對整個過濾器系統中的任何部位進行消毒處理，而采用此方法的缺點在于消毒過程中會使除菌過濾器的濾芯同時承受熱應力和機械應力。

　　除菌過濾器濾芯在消毒過程中需要在121℃溫度下保持30分鐘。蒸汽的溫度和保持時間必須達到要求從而能夠確保消毒干凈，消毒過程必須要采用純凈、飽和高溫蒸汽（通過過濾使其精度達到1μm），而且消毒過程中必須始終保持蒸汽的飽和性。
　　使整個過濾器系統達到消毒溫度的時間取決于蒸汽的流速和系統的實際尺寸，消毒蒸汽的保持時間須從過濾器系統溫度最低的部位達到消毒溫度時算起。只有當過濾器系統內部全部充滿著消毒蒸汽，而且產生的冷凝液可以從排放閥門自由流出時，才可以確認達到了消毒溫度。消毒過程中，不銹鋼殼體除菌過濾器的通氣口應稍稍打開，從而確保過濾器內充滿足夠的飽和蒸汽；鑄鋁殼體除菌過濾器的濾芯應單獨消毒處理。
　　每個除菌過濾器的濾芯在使用之前都應該進行消毒處理：
　　消毒周期
　　壓力為1.1bar，溫度為100°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用120次；
　　壓力為2.0bar，溫度為121°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用100次；
　　壓力為4.0bar，溫度為138°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用50次；