正壓系統的除菌有很多種方式方法，常用的是介質過濾除菌，即將壓縮空氣通過經過高溫滅菌的除菌過濾器【正壓除菌過濾器】，將空氣中的微生物等顆粒攔截在濾芯中，從而達到除菌的作用。常用的過濾介質有超細玻璃纖維、棉花、活性炭、石棉濾紙等各種材質。

　　當壓縮空氣氣流通過過濾層時，因為有濾層纖維的層層阻礙，使得氣流經過無數次改變運動速度和方向，引起微粒和濾層纖維間產生重力沉降、慣性沖擊、攔截、布朗運動等作用將微粒留在纖維表面上，實現過濾的目的，除菌過濾器【正壓除菌過濾器】的過濾效率大于99.9999%

　　注釋：過濾效率就是濾層所過濾掉的微粒數與原來微粒數的比值，它是衡量過濾設備過濾能力的重要指標。

　　重力沉降：當微粒所受的重力大于氣流對它的作用力時，由于重力作用微粒就會沉降下來。

　　慣性沖擊：當微生物等顆粒隨著空氣以一定的速度流動，在接近纖維時，由于速度不同，有的會改變運動方向繼續前進，有的會因為摩擦、粘附被滯留在纖維表面。

　　攔截：在濾芯的最外層會有一層邊界滯留區，在這個區間氣流速度更慢，當微粒在跟纖維接觸時，會被滯留。

　　布朗運動：微小的顆粒在流動速度很慢的氣流中能產生一種不規則的直線運動，稱為布朗運動。